入学方式不同：自考属于宽进严出，无需入学考试，而函授则属于严进宽出，需要参加全国统一入学考试；学习形式不同：自考主要依靠考生自己学习，函授平时的时间可以自学，但是需要利用寒暑假或节假日到函授站参加集中面授。

学制年限不同：函授专升本、高起专需要2.5年，高起本需要5年；自考没有固定的学制要求，几年考完就可以几年申请毕业，快的话1.5年到2年就可以毕业拿证了。

报考条件不同：函授专升本需具备国家承认的专科及以上学历，高起本则需具有高中文化程度；自考本科报名则不限制性别、年龄、民族还有现在的所持有的学历。